Divu dienu KLS iniciatīvas “Baltic Alliances” darbnīca Rīgā pulcēja jaunos pētniekus uz praktiskām mācībām metagenomikā un metabolajā modelēšanā.
Kā mikrobioma dati var palīdzēt pētniekiem izprast mikroorganismu lomu veselībā un slimību attīstībā? Šis jautājums bija centrālais darbnīcā “Metagenomics and Metabolic Modelling for Clinical Microbiome Research” (“Metagenomika un metabolā modelēšana klīniskajā mikrobioma pētniecībā”), kas norisinājās 17. un 18. septembrī Latvijas galvaspilsētā Rīgā. Pasākumu organizēja Ķīles Universitātes un Šlēsvigas-Holšteinas Universitātes slimnīcas (UKSH) Ķīles pētnieki sadarbībā ar Nacionālo pētniecības un inovāciju institūtu (NIRI), un tas divu dienu garumā pulcēja 20 dalībniekus uz lekcijām, praktiskajiem darbiem un zinātnisko pieredzes apmaiņu. Darbnīcu finansēja Ķīles Universitātes prioritārās pētniecības joma Kiel Life Science (KLS) savas iniciatīvas “Baltic Alliances” ietvaros, kas stiprina zinātnisko sadarbību ar partnerinstitūcijām visā Baltijas jūras reģionā. Šī bija pirmā KLS iniciatīvas “Baltic Alliances” darbnīca, kas norisinājās Rīgā.
Metagenomika ļauj pētniekiem identificēt paraugā esošos mikroorganismus un to gēnus. Metabolā modelēšana izmanto šo informāciju, lai prognozētu, kādas vielas mikroorganismi varētu patērēt vai ražot un kā tie varētu mijiedarboties. Kopā šīs pieejas palīdz pētniekiem pētīt mikrobu kopienu funkcionālo potenciālu un izstrādāt hipotēzes eksperimentālajiem un klīniskajiem pētījumiem. Dalībnieki, no kuriem vairums pārstāvēja Latviju, praktizējās mikrobioma sekvencēšanas datu analīzē un metaboliskās modelēšanas veidošanā.
Praktiskās nodarbības sniedza arī iespēju pārrunāt datu analīzes izaicinājumus un apmainīties ar pieredzi. Darbnīcu plānoja un organizēja Kārlis Mūrs (Karlis Moors) un Lēna Besta (Lena Best) no Medicīniskās sistēmbioloģijas pētniecības grupas, ko vada profesors Kristofs Kaleta (Christoph Kaleta) Ķīles Universitātes un UKSH Ķīles Eksperimentālās medicīnas institūtā.
“Mēs vēlamies izveidot kopīgu metodoloģisko bāzi mūsu kopīgajai pētniecībai un sniegt jaunajiem pētniekiem iespēju mācīties vienam no otra,” norāda K. Mūrs. “Darbnīca pulcēja kolēģus, lai risinātu praktiskus izaicinājumus un izpētītu, kā šīs metodoloģijas varētu atbalstīt viņu pašu pētījumus.”
Darbnīca balstās uz 2024. gada nogalē izveidoto sadarbību starp Ķīles pētniekiem un kolēģiem Rīgā, tostarp PhD Montu Brīvību (pašlaik NIRI Genoma centra vadītāja) un dr. Lieni Smani no Bērnu klīniskās universitātes slimnīcas (BKUS). Komandas kopīgi analizē mikrobioma paraugus, kas laika gaitā iegūti no bērniem ar onkoloģiskām saslimšanām, apvienojot metagenomisko analīzi ar metabolisko modelēšanu.
Informācija publicēta 21.09.2026